点击AS的File->Settings或者快捷键Ctrl+Alt+S，打开设置界面，如下图

参数

-d $ModuleFileDir$\src\main\cpp\ -bootclasspath $ModuleSdkPath$\platforms\android-26\android.jar -classpath $ModuleFileDir$\build\intermediates\classes\debug com.app.jni.SdkNative

创建完之后，点OK保存。最后在菜单栏Tools->External Tools->Javah就会自动生成你要的头文件了。

自动生成method和signature工具类

import java.io.BufferedReader;
import java.io.File;
import java.io.FileInputStream;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStreamReader;
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
/**
 * JNI动态注册方法生成器
 * 这是一个J2SE工具类
 */
public class JniMethodsGenerator {
    static List<Method> list;
    public static void main(String[] args) {
        String path = ".\\src\\main\\cpp\\com_jni_Native.h";//javah生成的头文件路径
        try {
            list = new ArrayList<>();
            FileInputStream in = new FileInputStream(new File(path));
            BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(in));
            String line = reader.readLine();
            Method method = null;
            while (line != null) {
                if (line.contains("Method:")) {
                    method = new Method();
                    method.method = line.substring(line.lastIndexOf(":") + 1).trim();
                } else if (line.contains("Signature:")) {
                    method.signature = line.substring(line.lastIndexOf(":") + 1).trim();
                    list.add(method);
                    reader.readLine();//
                    line = reader.readLine();//JNIEXPORT void JNICALL Java_com_jni_Fjsmthlib_debug
                    int l = "JNIEXPORT ".length();
                    method.type = line.substring(l, line.indexOf(" ", l + 1)).trim();
                    line = reader.readLine();
                    method.params = line;
                }
                line = reader.readLine();
            }
            reader.close();
        } catch (FileNotFoundException e) {
            e.printStackTrace();
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
        List<Method> methods = new ArrayList<>();
        methods.addAll(list);
        while (list.size() > 0) {
            Method method = list.remove(0);
            String jni = String.format("{\"%s\", \"%s\", (void *) jni_%s},", method.method, method.signature, method.method);
            System.out.println(jni);
        }
        while (methods.size() > 0) {
            Method method = methods.remove(0);
            System.out.println(String.format("extern %s jni_%s %s", method.type, method.method, method.params.trim()));
        }
    }
    static class Method {
        String type;
        String method;
        String signature;
        String params;
    }
}

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